2012年，通过“211工程”三期建设验收，成功入选“中西部高校基础能力建设工程”高校和“中西部高校综合实力提升工程”重点建设高校行列；
2017年，入选国家“双一流”（一流学科）建设高校；2018年，成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校；十年来，石河子大学紧紧围绕新疆和兵团发展需求，扎根边疆大地，坚持立德树人，聚焦特色优势，加强内涵建设，在学科建设方面取得了标志性成果，呈现出良好发展态势，学校学科实力和办学水平显著提升。2018年8月，教育部调研我校部省合建工作
2022年1月，我校参加教育部部省合建高校大型系列研究设施建设推进会
石河子大学坚持分类建设、分层投入、特色发展的学科建设思路。引进第三方评估，坚持“绩效考核、动态调整”，通过“一流学科”龙头带动，优势学科重点突破和传统学科、特色学科、交叉学科的合理布局，逐渐形成了“三高一培（高峰、高原、高地、培育）”四级金字塔式学科生态体系。出台《石河子大学深化学科建设与管理机制专项改革方案》，建立“学校统一管理、学院分头实施、学科职责到人”的二级管理、三级负责模式，健全学科发展监测考评机制，发挥第三方评价作用，实行绩效考核与学科四级升降管理，为学科建设的持续发展注入了持久动力。石河子大学不断强化区位优势特色，主动适应国家、兵团战略发展和区域人才需求，盘活存量、激发增量。在新疆高校中率先实行学科动态调整，学位点合格评估成绩位居新疆高校前列。数据是最有力的证明。2012年，石河子大学拥有一级学科博士学位授权点5个，一级学科硕士学位授权点23个，硕士专业学位类别授权类别8个。经过全校上下十年的共同努力，目前学校拥有“双一流”一流建设学科1个，部省合建学科群2个，9个一级学科博士学位授权点、1个专业学位博士授权点、30个一级学科硕士学位授权点、30个专业学位硕士授权点。新增2个工科博士后科研流动站，填补了学校理学门类一级学科博士点和专业学位博士点2个空白。目前，学校硕士学位授权点涉及经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学等10大学科门类，博士学位授权点涉及经济学、理学、工学、农学、管理学5大学科门类，学科布局逐渐优化。2017年，石河子大学化学工程与技术学科首次入选国家“双一流”建设学科，2022年完美收官，顺利进入新一轮“双一流”建设学科。在全国第四轮学科评估中，学校“化学工程与技术”“农业工程”2个学科成为部省合建牵头建设学科。2019年，石河子大学“临床医学”学科进入esi全球前1%学科，实现了零的突破，截至目前，全校已有4个学科进入esi全球前1%学科，位居新疆高校第一。
“十四五”期间，学校将以新一轮“双一流”建设为契机，以《“双一流”建设高校整体建设方案》《“十四五”学科专业发展规划和2035年远景目标》《石河子大学学科专业高质量发展实施方案（一院一案）》等为抓手，开好局，起好步，分层分类、对标对表、构建“一体系（“三高一培”四级学科体系）、两平台（“大型煤分级转化与精细化利用”和“棉花/林果生产现代化创新”2个大型设施系列研究平台）、四工程（“一流学科引领、优势学科提升、特色学科强化、新兴学科培育”四大学科建设工程）”的学科发展格局，建立多部门协同推进、资源整合机制和责任落实体系，促进学校学科建设迈上新台阶。
